De collectie, bestaande uit zo'n 550.000 objecten, is gewijd aan geologie, paleontologie en flora en fauna van Zuid-Limburg. Topstukken uit de collectie zijn de schedel van een Mosasaurus (genaamd Bèr naar zijn vinder) en enkele reuzenschildpadden, die gevonden werden in de mergelgroeve van de Sint-Pietersberg. Voor Bèr werd een vitrinepaviljoen in de tuin van het museum gebouwd. Daarnaast bezit het museum een stijlkamer met rariteitenkabinetten uit de 19e eeuw. Een opmerkelijk stuk uit die collectie is een rattenkoning uit de 19e eeuw. Ten slotte herbergt het museum enkele aquaria.
Achter het museum ligt aan het riviertje de Jeker een heemtuin, genoemd naar de botanicus August de Wever. Hierin bevinden zich ook enkele kunstwerken.
De Bosquetplein 7
6211 KJ Maastricht
Telefoon: 043 350 54 90
Fax: 043 350 54 75
E-mail: museum@maastricht.nl